Complejo de vegetación de mogotes: Se encuentra representado en algunas elevaciones del área, siendo el mayor exponente de esta vegetación el Mogote de Belén.

La vegetación se caracteriza por su distribución no uniforme sobre el suelo esquelético de pendientes calizas, lo cual provoca variaciones notables en la vegetación desde la base hasta la cima. En la base se encuentra un bosque semidiciduo mesófilo fuertemente alterado por la actividad antrópica, con un estrato arbóreo emergente compuesto por Roystonea regia (Palma real), Cocotrinax muricata (Palmita de Najasa), Zuelania guidonia (Guaguasí), Cordia gerascanthus (Varía), Bursera simaruba (Almácigo) y Cecropia peltata (Yagruma). Existen además elementos del bosque siempreverde como la Oxandra lanceolata (Yaya) y Zanthoxylum martinicense (Ayúa).

En el estrato arbustivo hay Capparis flexuosa (Mostacilla), Erythroxylum havanense (Jibá), Diospyros grisebachii (Ebano real), Amyris elemifera (Cuaba amarilla de costa) y Piper sp.
En los farallones se implanta una vegetación más xeromorfa, espinosa y abierta, caracterizada por Coccothrinax muricata (Palmita de Najasa), Agave legrelliana (Maguey), Selenicereus grandiflorus (Cacto), Leptocereus carinatus, Mamillaria prolifera, Crossopetalum aquifolium (Hierba maravedí), Oplonia tetrasticha (No me toques) y Acacia maschalocephala. (Tocino), entre otros.
En la cima existe un bosque bajo con un estrato arbóreo integrado por Hildergardia cubensis. (Guana), Coccothrinax muricata (Palmita de Najasa), Colubrina elliptica (Jayabico), Comocladia dentata (Guao de sabana), Plumeria obtusa (Lirio), Diospyros grisebachii (Ebano real)
Existen además especies epífitas de la familia Orquidaceae, Bromeliacea y Cactaceae. Las trepadoras están representadas por Smilax havanensis (Alambrillo), Serjania diversifolia (Bejuco angarilla) y Stigmaphyllon sagraeanum (Bejuco San Pedro).

Bosque semideciduo mesófilo secundario.

Esta formación vegetal se halla tanto en las laderas menos abruptas con algo de suelo y en las cimas. Posee tres estratos: uno arbóreo con emergentes, arbustivo que en algunos lugares es denso y otro herbáceo, limitado al sotobosque.Dentro del estrato dominante se observan como emergentes: Calophyllum antillanum (Ocuje), Ceiba pentandra (Ceiba), Paliparites elatus (Majagua) y Cordia gerascanthus (Varía), los cuales alcanzan hasta 30.0 m de altura. En el dosel abundan además: Albizia saman (Algarrobo), Bursera simaruba (Almácigo), Cedrela odorata (Cedro), Swietenia mahagonii y Licaria trianda. (Leviza). Entre los arbolitos y arbustos, las plantas que más abundan son: Ateleia cubensis (Guayacansillo bobo), Canella winterana (Cúrbana), Casearia aculeata (Jía), Comocladia dentata (Guao de sabana), Picramnia pentandra (Aguedita), Erithalis fruticosa (Víbona) y Oxandra lanceolata (Yaya), esta última formando por partes, extensos yayales con carácter de estrato arbóreo dominante.
La distribución de herbáceas en el sotobosque no es homogénea; pueden mencionarse: Bromelia pinguin (Piña de ratón) Rivina humilis (Coralito, Ojo de ratón), Digitaria horizontales (pangola), Lasiacis divaricata (Pitillo de monte) y Dactyloctenium aegyptium También son abundantes algunas especies como por ejemplo Chrysanthellum americanum (Manzanilla del país) y Decliptera vahliana (gallito), asi como algunos helechos del género Adiantum sp. (Culantrillos de pozo) y Nephrolepis sp. (Helechos)
El sinusio de lianas y epífitas lo constituyen con mayor abundancia: Chamissoa altisima (Guaniquique), Ipomoea tiliacea (marruyero), Rhipsalis baccifera (disciplinilla), Encyclia phoenycea (Orquídea), Tillandsia flexuosa (Curujey) y Tillandsia usneoides (gauajaca), entre otras.

Vegetación de galería.

Constituyen relictos que bordean arroyos permanentes e intermitentes del territorio, compuesto por árboles con dominancia de Tabebuia angustata (Roble de yugo), Roystonea regia (Palma real), Andira inermes (Yaba), Guarea guara (Yamagua), Ceiba pentandra (Ceiba) y Guazuma ulmifolia (guásima), Lonchocarpus sericeus (Guama). Por partes se hace denso el estrato herbáceo, conformado por especies postradas de gramineas Echinochloa colona y trepadoras principalmente de la familia Comvolvulacea. Las epífitas están representadas por las orquídeas y bromeliáceas en el dosel.
Vegetación secundaria (Bosques y matorrales). La vegetación secundaria ha sido considerada por Capote et al. (1988) como comunidades vegetales de sustitución o reemplazo, en estos estadios sucesionales se observa la especie heliófila Cecropia schreberiana (Yagruma), la acompañan: Guazuma ulmifolia (guásima), Sanamea saman (algarroba), Capparis flexuosa (Mostacilla), Comocladia dentata (guao de sabana), Chrysophylum oliviforme (caimitillo), Dichrostachys cinerea (Marabú), Ficus aurea (Jagüey hembra), F. membranacea (Jagüey) y Pisonia aculeata (Zarza).
El grado de afectación originado por las talas intensivas y las crías de ganado vacuno y equino, han provocado el surgimiento de sabanas antrópicas, con la total desaparición del bosque en las cimas, laderas y zonas llanas en contacto con las bases de elevaciones. Estas comunidades presentan árboles emergentes dispersos, entre ellos: Roystonea regia (Palma Real), Crescentia cujete (Güira), Cordia collococa (Ateje rojo), Brya ebenus (Granadilla), Cedrela cubense. (Cedro) y abundancia de Sanamea saman (Algarroba), Guazuma ulmifolia (guásima) y Cordia gerascanthus (Varía), la cual presenta una abundante regeneración natural que es aprovechada para el enriquecimiento silvicultural.

Vegetación acuática

Se encuentra localizada principalmente en los espejos de agua (presas, micropresas, arroyos), dentro de las especies mas abundantes encontramos algunas flotantes como Eichhornia crassipes ( jacinto de agua), Pistia stratioides (Lechuga de agua), Legna sp (Lenteja de agua) y otras que habitan enraizadas al suelo tales como Typha dominguensis ( Macío), Eliocaris interstincta (Junquillo de agua), Hydrolea spinosa (Tabaco cimarron), Cladium jamaicensis (Cortadera), Ludwigia octovalvis (Clavellina).
Vegetación cultural: esta es el resultado de la implantación de especies principalmente sinantrópicas que por lo general son introducidas en el área y que se encuentran localizadas a orillas de caminos carreteras y otras vías de acceso, entre las especies más comunes aparecen Bidens pilosa ( Romerillo), Parthenium hysterophorus (Escoba amarga), Achyrantes aspera (Rabo de gato) y Blechum pyramidatum (Mazorquilla) por otra parte hay un grupo de especies que crecen asociadas a los cultivos y que se conocen popularmente como malas hierbas, entre ellas encontramos a Portulaca olearacea (verdolaga), Cyperus. Rotundus (Corojillo), Croton lobatus (Frailecillo), Eleusine indica (Pata de gallina); algunas de ellas provocan afectaciones a los cultivos pues resulta difícil su eliminación.
En la franja de la cerca perimetral el ipil ipil es una de las especies existente, la cual se ha convertido una especie invasora, ocupando un área de 134.2 ha. Además de la competencia con las especies nativas, el ipil ipil produce como consecuencia una serie de afectaciones en la actividad socioeconómica, tales como afectaciones en el sistema renal, y caída de pelo en los equinos, producto de la caída de ramas por el efecto de los vientos se producen afectaciones en las líneas eléctricas y obstaculización de los viales.
El estado actual de esa vegetación sufrió notables alteraciones por el impacto de fenómenos naturales lo que implica la sustitución por otras especies, preferentemente por otras especies perennifolias y que no representen una amenaza en cuanto a su poder de invasión.
Tabla vegetación